1、发现员工入职两家公司违法，如果有一个公司不同意，则是属于违法行为。根据相关法律规定，若是双方形成劳动关系的，用人单位应当与劳动者签订劳动合同，并缴纳生育保险以及医疗保险等。

2、法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》

第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

(1)、在试用期间被证明不符合录用条件的;

(2)、严重违反用人单位的规章制度的;

(3)、严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;

(5)、劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;

(6)、因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;

(7)、被依法追究刑事责任的。